Il viaggio alla scoperta dei primi ospedali ci porta quindi al XVI secolo.
Il secondo ospedale varesino, a cui nel 1567 fu accorpato quello del Nifontano, fu fondato nel 1523 dagli Scolari di San Giovanni Evangelista, nei pressi della chiesa di San Cristoforo, non lontana dal Battistero. Al momento della “fusione” fu approntato un nuovo edificio e la sede originaria fu data al canonico Angelo Maria Castiglioni. Dopo meno di un secolo, nel 1657, l’Ospedale di San Giovanni, o Venerando Ospedale dei Poveri, traslocò a Regondello (l’attuale via Donizetti) e nell’edificio lasciato libero furono aperte le scuole pubbliche. Del complesso ospedaliero e della chiesa, situati nell’area compresa tra le attuali via Marconi e piazza Marsala, non resta traccia dopo le demolizioni degli Anni Sessanta del Novecento. La chiesa di San Cristoforo fu vittima, come altri edifici sacri varesini, della soppressione degli ordini religiosi decretata verso la fine del Settecento da Giuseppe II, succeduto a Maria Teresa sul trono imperiale.
Durò poco anche quel primo esperimento d’istruzione pubblica: le scuole furono chiuse dopo soli cinque anni perché, approfittando della gratuità della frequenza, molte famiglie varesine non abbienti preferivano mandare i figli a scuola piuttosto che avviarli al lavoro, con un onere per le casse pubbliche che i notabili del borgo non intendevano sostenere.